Science

De belangrijkste verschillen van ons project van andere

 verspreide gegevensverwerkingsprojecten (ONS PLAN)  

1) eerst en vooral is het belangrijkste verschil het onderzoekgebied. Ons project is het eerste project toegewijd aan studies van moleculaire structuur en in het ontwerp van de silicodrug voor proteïnen, die aan de biologie van stamcellen deelnemen. Voor zover de biologie van stamcellen met kankeronderzoek verbonden is is het tweede gebied van ons belang kanker. Het belangrijkste doel voor ons onderzoek van de drugontdekking is drug-als te vinden samenstellingen die in stamcellen kunnen worden gebruikt regeneratieve geneeskunde en regeneratieve geneeskunde baseerde, die op somatische cellenoverplanting wordt gebaseerd. Zo eerst, is het belangrijkste verschil het doel van het project.

2) het fundamentele onderzoek bij het eiwit vouwen en de structuur zijn niet de belangrijkste doeleinden van het project. De kennis over eiwitstructuur en mechanismen van functie voor ons is slechts de eerste stap naar in het ontwerp van de silicodrug van kleine moleculesamenstellingen, die op deze biologische doelstellingen handelen. Natuurlijk hopen wij dat wij sommige interessante eiwit ruimtestructuren zullen raffineren en misschien sommige inzicht in sommige mechanismen van eiwitfuncties zullen maken, maar dit is enkel de eerste stap.

De tweede stap is drugontdekking die bij het flexibele virtuele onderzoek voor in de handel verkrijgbare gegevensbestanden van organische samenstellingen wordt gebaseerd. Voor het meest prospectief onder hen zijn wij van plan om hun bindende wijze met biotargets door middel van hoog-productie moleculaire dynamica te beoordelen.

3) wij zijn van plan om aan het project al software samen te brengen die aan in de ontdekking van de silicodrug, met inbegrip van eiwitstructuur modelleringsmethodes, klapidentificatie en post-verwerkt van de resultaten door QSAR methodes wordt gestreefd. Wat zullen als verdeelde gegevensverwerkingstoepassingen (als GROMACS en Autodock) worden gebruikt en wat zullen als off-line toepassingen worden gebruikt. Wij zouden ook de vooruitlopende macht voor gegevens verwerkte gebaseerde methodes in drugontdekking willen evalueren. Zo van plan zijn wij om geconcentreerde diversiteitsdatasets van natuurlijke productensamenstellingen te krijgen die aan biologische proeven als belangrijkst product van het project worden gestreefd.

4) het belangrijkste doel van dit project is niet alleen wetenschappelijke documenten op fundamentele aspecten van eiwitfuncties te maken en wat computeronderzoek te maken maar de verdere ontwikkeling van in silico vloeit door overdracht aan biologische proeven en loodoptimalisering voort voor de geïdentificeerdea klappen.

5) aangezien de computermiddelen worden gegeven aan ons door verdeelde gegevens verwerkende gemeenschap wij absoluut zeker zijn dat wij sterk moeten hebben aan de gemeenschap terugkoppelen. De methodes en de manieren voor zulke koppelen kunnen in projectforums worden besproken terug. Als voorbeelden kunnen wij voorstellen:

- verwijzingen en acknowledgments aan de hoogste teams en de hoogste gebruikers in elk document, dat uit het onderzoek is voortgevloeid.

- financiële rapporten aan de gemeenschap.

- de bespreking van biologische doelstellingen en fysiologische gevolgen die door middel van samenstellingen kunnen worden bereikt, die aan deze biologische doelstellingen worden gestreefd.

- organisatie van vergaderingen en misschien zelfs sommige partijen voor maalmachines communautaire leden.

- andere voordelen, die door de gemeenschap tijdens forumbesprekingen kunnen worden voorgesteld. 

HET GEBIED VAN HET ONDERZOEK EN DE ACHTERGROND VAN HET PROJECT

Eerst en vooral zoeken wij samenstellingen die voor regelgeving van de volwassen activiteiten van stamcellen op zogenaamde „stamgebieden“ kunnen worden gebruikt. De gebieden van de stam - zijn de compartimenten waarin de volwassen stamcellen helemaal over het menselijke lichaam worden geplaatst. Deze gebieden zijn wijdverspreid in de meeste weefsels (men kan een hypothese opstellen dat in alle weefsels) in oude volkeren zoals in jonge degenen (maar in oud in minder omvang). Dit zijn gedeeltelijk stamcellen, die aan embryonale ontwikkeling en dan tegenhielden de generatie van nieuwe weefsels en gingen naar de sluimerende (slaap) staat deelnamen en gewekte tijd aan tijd in sommige weefsels door de signalen van het stamgebied zijn.

De ongecontroleerde afdeling van dergelijke stamcellen leidt tot kankertransformatie en immortalization. Van de overkant verhinderen de mechanismen in menselijk lichaam die stamcellen op stamgebieden controleren het directe gebruik van stamcellen in regeneratieve therapie (en zij moeten! - om kanker en ongecontroleerde afdeling) te verhinderen. Zo is onze hypothese dat de verfijnde verordening van evenwicht tussen regeneratieve activiteit van stamcellen en kanker door gerichte regelgeving van de groeifactoren en signalerende proteïnen kan worden bereikt, die activiteiten van stamcellen regelen op stamgebieden.

Volgens onze hypothese kan dergelijke boete gestemde regelgeving voor behandeling van diverse soorten kanker en voor inductie van regeneratie van verschillende types van weefsels zelfs in oude organismen worden gebruikt. De eerste eiwitkandidaten voor dergelijke regelgeving zijn de volgende signalerende wegen: Wnt/Gesist, Shh/Gladgemaakt en Inkeping. De volgende doelstellingen zijn natuurlijk dozens verwante de groeifactoren. De het werkregeling kan gezien AR hieronder pic.1 zijn.

DE AFBEELDING VAN DE WEG EN DE BIOLOGIE VAN HET SYSTEEM

Voor boete - het stemmen van activiteiten van stamcellen op hierboven de vermelde stamgebieden is een ingewikkelde taak, met betrekking tot correcte afbeelding van wegen. Zo één van de onze taken moet online server met interactieve signalerende wegenkaarten maken, die uit de gegevensanalyse van de systeembiologie zijn voortgevloeid. Dit is niet verwant met verdeelde gegevensverwerking, maar ook om deel van ons project gepland uit te maken.

Ook als verdeelde niet gegevensverwerkingsdelen die wij van plan om zijn geweest om ontwikkeling van verscheidene toepassingen voor drugontwerp te maken met computer.

 
 

Pic. 1. Dit is een vereenvoudigde algemene regeling van de projectachtergrond. Het eerste deel voor ons project is moleculaire modellering van ruimtestructuur voor hoofddeelnemers in Wnt/Gesist, Shh/de Gladgemaakte en wegen van de Inkeping en in silicoontwerp van hun agonists en antagonisten. Het tweede deel is toegewijd aan biologische proeven en in de optimalisering van het silicolood. Het andere deel van het project is wegafbeelding toegewijd aan begrip van de regelgeving van stamgebieden kaarten in verschillende types van weefsels en begrip van kruising tussen stamcellen wegenkaarten signaleren en kankercellen die wegenkaarten (zie Afbeelding) signaleren.

  ONTWIKKELING VAN DE SOFTWARE VAN TOEPASSINGEN:

Sommige gebieden van algoritmenontwikkeling die extremly interessant voor ons met project beschikbare financiering zijn:

1) Ontwikkeling van krachtgebieden voor kleine molecules.

2) Evaluatie van algoritmen zoals Monte Carlo of PSO voor conformational ruimteonderzoek naar eiwit-ligand-eiwitcomplexen.

3) Evaluatie van verschillende conformational bemonsteringsmethodes, die wat computertijd kunnen besparen en waarschijnlijkheid voor identificatie van globale energieminima voor eiwit en eiwit-kleine molecule 3D structuren verhogen.

4) Evaluatie van kwaliteit van algoritmen van M.D. het gebaseerde inbegrepen dokken met expliciet oplosmiddel.

 SERVER EN ONTWIKKELING VAN DE MIDDLEWARE:

1) integreer BOINC API: Verbetert 

 - Checkpointing

 - Screensaver

2) Verwezenlijking van project scherm-Spaarder

3) het simulatiesKnelpunt van 10 dagen: Evalueer de nieuwe ontwikkelingen

- Toepassingen GPU: CUDA voor Autodock & GROMACS 

- Parallelle BOINC API