Science

 

 

Le differenze principali del nostro progetto dall'altra computazione distribuita proietta (il NOSTRO PROGRAMMA)  

1) In primo luogo di tutti la differenza principale è la zona di ricerca. Il nostro progetto è il primo progetto votato agli studi sulla struttura molecolare e nel disegno della droga di silico per le proteine, che partecipano alla biologia delle cellule formative. Per quanto la biologia delle cellule formative è collegata a ricerca sul cancro la seconda zona del nostro interesse è cancro. L'obiettivo principale per la nostra ricerca di scoperta della droga è di trovare droga-come i residui che possono essere utilizzati nelle cellule formative hanno basato la medicina rigeneratrice e la medicina rigeneratrice, basate su trapianto dei somatociti. Così in primo luogo, la differenza principale è l'obiettivo del progetto.

2) La ricerca fondamentale sulla piegatura di proteina e la struttura non sono gli scopi principali del progetto. La conoscenza circa la struttura della proteina ed i meccanismi della funzione per noi è soltanto il primo punto verso nel disegno della droga di silico di piccoli residui della molecola, che si comportano su questi obiettivi biologici. Naturalmente speriamo che raffiniamo alcune strutture spaziali della proteina interessante e forse facciamo alcune comprensioni in alcuni meccanismi delle funzioni della proteina, ma questo è appena il primo punto.

Il secondo punto è scoperta della droga basata su selezione virtuale flessibile per le basi di dati disponibili nel commercio dei residui organici. Per il più futuro fra loro progettiamo di valutare il loro modo obbligatorio con i biotargets per mezzo della dinamica molecolare di alto-rendimento.

3) Progettiamo di riunire al progetto tutto il software mirato nella scoperta della droga di silico, compreso la struttura della proteina che modella i metodi, l'identificazione di colpo e post-processing dei risultati con i metodi di QSAR. Alcuni saranno usati come applicazioni di computazione distribuita (come GROMACS e Autodock) ed alcuni saranno usati come applicazioni fuori linea. Inoltre vorremmo valutare il potere preventivo per i metodi basati computati nella scoperta della droga. Così progettiamo di ottenere i gruppi di dati messi a fuoco di diversità dei residui dei prodotti organici mirati alle prove biologiche come il prodotto principale dal progetto.

4) Lo scopo principale di questo progetto è non solo di fare le carte scientifiche sulle funzioni fondamentali delle funzioni della proteina e di fare un certo calcolatore ricercare ma ulteriore sviluppo nei risultati di silico dal trasferimento nelle prove biologiche e condurre l'ottimizzazione per i colpi identificati.

5) Poichè le risorse del calcolatore sono date noi dalla comunità di computazione distribuita siamo assolutamente sicuri che dobbiamo avere forti risposte alla comunità. I metodi ed i sensi per tali risposte possono essere discussi nelle tribune di progetto. Come gli esempi che possiamo proporre:

- riferimenti e ringraziamenti alle squadre superiori ed agli utenti superiori in ogni carta, derivante da ricerca.

- rapporti finanziari alla comunità.

- discussione sugli obiettivi biologici e sugli effetti fisiologici che possono essere realizzati per mezzo dei residui, mirata a questi obiettivi biologici.

- organizzazione delle riunioni e forse persino di alcuni partiti per i membri di comunità dei frantumatori.

- altri benefici, che possono essere proposti dalla comunità durante le discussioni della tribuna.

 

ZONA DI RICERCA E PRIORITÀ BASSA DI PROGETTO

In primo luogo di tutti stiamo cercando i residui che possono essere usati per la regolazione delle cellule formative che adulte le attività in cosiddetto “gambo piazza„. Posti adatti del gambo - sono gli scompartimenti in cui le cellule formative adulte sono disposte dappertutto il corpo umano. Questi posti adatti sono diffusi in la maggior parte dei tessuti (può essere supposto che in tutti tessuti) in gente anziana come in giovani un (ma in vecchio in meno limite). Queste sono parzialmente cellule formative, che hanno partecipato allo sviluppo embryonal ed allora hanno arrestato la generazione di nuovi tessuti e sono andato alla condizione dormente (di sonno) e sono svegliate tempo di cronometrare in alcuni tessuti dai segnali del posto adatto del gambo.

La divisione incontrollata di tali cellule formative conduce a trasformazione e al immortalization del cancro. Dall'altro lato i meccanismi nel corpo umano che le cellule formative di controllo in gambo piazza impedicono loro l'uso diretto le cellule formative nella terapia rigeneratrice (e debba! - per impedire cancro e divisione incontrollata). Così la nostra ipotesi è che la regolazione fine-tuned di equilibrio fra attività rigeneratrice delle cellule formative e cancro può essere realizzata dalla regolazione designata delle proteine di fattori e di segnalazione di sviluppo, regolante le attività delle cellule formative nei posti adatti del gambo.

Secondo la nostra ipotesi tale regolazione sintonizzata fine può essere utilizzata per il trattamento di vari tipi di cancri e per induzione di rigenerazione dei tipi differenti di tessuti anche nei vecchi organismi. I primi candidati della proteina per tale regolazione sono le vie seguenti di segnalazione: Wnt/Frizzled, Shh/lisciato e tacca. Gli obiettivi seguenti sono naturalmente dozzine dei fattori di sviluppo relativi. Lo schema del lavoro può essere l'AR veduta pic.1 qui sotto.

TRACCIATO DI VIA E BIOLOGIA DI SISTEMA

Per l'indennità - la sintonizzazione delle attività delle cellule formative nei posti adatti del gambo detti precedentemente è un'operazione complicata, relativa al tracciato corretto delle vie. Così uno delle nostre mansioni è di fare l'assistente in linea con i programmi interattivi di vie di segnalazione, derivanti dall'analisi di dati di biologia di sistema. Ciò non è collegata con la computazione distribuita, ma inoltre è progettata per fa parte del nostro progetto.

Inoltre mentre la computazione non distribuita parte progettiamo di fare lo sviluppo di parecchie domande di disegno su ordinatore della droga.

 
 

Pic. 1. Ciò è uno schema generale semplificato dei precedenti di progetto. La prima parte per il nostro progetto è modellistica molecolare della struttura spaziale per i partecipanti principali vie Frizzled, di Shh/lisciato e della tacca di Wnt/ed al disegno di silico dei loro agonisti ed antagonisti. La seconda parte è votata alle prove biologiche e nell'ottimizzazione del cavo di silico. L'altra parte del progetto è tracciato di via votato a comprensione dei programmi di regolazione dei posti adatti del gambo nei tipi differenti di tessuti e la comprensione dell'intersezione fra le cellule formative che segnalano i programmi e le cellule tumorali di vie che segnalano le vie traccia (vedi Mapping) .

  SVILUPPO DI SOFTWARE DI APPLICAZIONI:

Alcune zone di sviluppo di procedure che sono extremly interessanti per noi con il finanziamento di progetto disponibile:

1) Sviluppo dei campi di forza per le piccole molecole.

2) Valutazione delle procedure come Monte Carlo o di PSO per la ricerca conformazionale dello spazio dei complessi del proteina-ligand.

3) Valutazione dei metodi di campionamento conformazionali differenti, che possono salvare un certo tempo di calcolo ed aumentare la probabilità per l'identificazione dei minimi globali di energia per proteina e le proteina-piccole strutture della molecola 3D.

4) La valutazione di qualità delle procedure di MD ha basato l'aggancio con il solvente esplicito incluso.

 SVILUPPO DEL MIDDLEWARE E DELL'ASSISTENTE:

1) Integri BOINC api: Migliora

- Checkpointing

- Screensaver

2) Creazione dello Screen-Saver di progetto un impasse di dieci giorni di

3) simulazioni: Valuti le novità

- Applicazioni di GPU: CUDA per il & di Autodock; GROMACS

- BOINC parallelo api