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Die Hauptunterschiede unseres Projektes von anderer verteilter Datenverarbeitung projektiert (UNSER PLAN)

1) Zuerst ist der Hauptunterschied der Forschungsbereich. Unser Projekt ist das erste Projekt, das Studien der molekularen Struktur und im silico Drogeentwurf für Proteine gewidmet wird, die an der Stammzellebiologie teilnehmen. Insoweit Stammzellebiologie mit Krebsforschung verbunden wird, ist der zweite Bereich unseres Interesses Krebs. Das Hauptziel für unsere Drogeentdeckungforschung ist, Droge-wie Mittel zu finden, die in den Stammzellen benutzt werden können gründeten verbessernde Medizin und verbessernde die Medizin, basiert auf Versetzung der körperlichen Zellen. So zuerst, ist der Hauptunterschied das Ziel des Projektes.

2) Eine grundlegende Forschung auf dem Gebiet einer Proteinfalte und Struktur sind nicht die Hauptzwecke dem Projekt. Das Wissen über Proteinstruktur und Mechanismen der Funktion für uns ist nur der erste Schritt in Richtung in zum silico Drogeentwurf der kleinen Molekülmittel, die nach diesen biologischen Zielen handeln. Selbstverständlich hoffen wir, dass wir einige räumliche Strukturen des interessanten Proteins weiter entwickeln und möglicherweise etwas Einblicke in einigen Mechanismen der Proteinfunktionen bilden, aber dieses ist gerade der erste Schritt.

Der zweite Schritt ist die Drogeentdeckung, die auf flexibler virtueller Siebung für handelsübliche Datenbanken der organischen Mittel basiert. Für das zukünftigste unter ihnen planen wir, ihren verbindlichen Modus mit biotargets mittels Hochdurchsatz molekulare Dynamik festzusetzen.

3) Wir planen, zum Projekt alle Software zusammenzubringen, die in zur silico Drogeentdeckung, einschließlich die Proteinstruktur gezielt wird, die Methoden, Schlagkennzeichnung und das Nachbearbeiten der Resultate durch QSAR Methoden modelliert. Einige werden als verteilte rechnenanwendungen (als GROMACS und Autodock) verwendet und einige werden als indirekte Anwendungen verwendet. Wir auch möchten die Prognosequalität für Berechnungs- gegründete Methoden in der Drogeentdeckung auswerten. So planen wir, fokussierte Verschiedenartigkeitdatensätze der Produktmittel zu erhalten, die zu den biologischen Versuchen als das Hauptprodukt vom Projekt gezielt werden.

4) Der Hauptzweck diesem Projekt ist nicht nur, wissenschaftliche Papiere auf grundlegenden Aspekten der Proteinfunktionen zu bilden und irgendeinen Computer aber die weitere Entwicklung in der silico Resultate durch Übertragung auf biologische Versuche erforschen und Optimierung für die identifizierenten Schläge führen zu lassen.

5) Da Computerbetriebsmittel uns von verteilter rechnengemeinschaft gegeben werden, sind wir absolut sicher, dass wir starkes Rückgespräch zur Gemeinschaft haben müssen. Die Methoden und die Weisen für solches Rückgespräch können in den Projektforen besprochen werden. Wie die Beispiele, die wir vorschlagen können:

- Hinweise und Bestätigungen zu den Spitzenmannschaften und zu den Spitzenbenutzern in jedem Papier, resultiert aus der Forschung.

- Finanzreports zur Gemeinschaft.

- die Diskussion über biologische Ziele und physiologische Effekte, die mittels Mittel erzielt werden können, gezielt worden zu diesen biologischen Zielen.

- Organisation von Sitzungen und möglicherweise sogar von einigen Parteien für Crunchersgemeinschaftsmitglieder.

- anderer Nutzen, die von der Gemeinschaft während der Forumdiskussionen vorgeschlagen werden kann.

FORSCHUNGS-BEREICH UND PROJEKT-HINTERGRUND

Zuerst suchen wir nach Mitteln, die für Regelung der erwachsenen Stammzellen benutzt werden können, die, Tätigkeiten in so genanntem „Stamm verbirgt“. Stammnischen - sind die Fächer, in denen erwachsene Stammzellen ganz über den menschlichen Körper gelegt werden. Diese Nischen sind in die meisten Geweben (es kann dass in allen Geweben theoretisiert werden), in den alten Leuten wie in den Jungen eine weit verbreitet (aber in altem in weniger Umfang). Diese sind teilweise Stammzellen, die an der embryonal Entwicklung teilnahmen und dann das Erzeugung der neuen Gewebe stoppten und zum schlafenden (Schlaf) Zustand gingen und Zeit, in einigen Geweben Zeit festzusetzen durch Stammnischensignale geweckt werden.

Die unbeaufsichtigte Abteilung solcher Stammzellen führt zu Krebs Umwandlung und immortalization. Von der anderen Seite verhindern die Mechanismen im menschlichen Körper, den Steuerstammzellen im Stamm verbirgt, den direkten Verbrauch der Stammzellen in der verbessernden Therapie (und sie müssen Sie! - Krebs und unbeaufsichtigte Abteilung verhindern). So ist unsere Hypothese, dass die fine-tuned Regelung der Balance zwischen verbessernder Tätigkeit der Stammzellen und Krebs durch die gerichtete Regelung der Wachstumfaktor- und -signalisierenproteine erzielt werden kann und Tätigkeiten der Stammzellen in den Stammnischen regulieren.

Entsprechend unserer Hypothese kann solche feine abgestimmte Regelung für Behandlung der verschiedenen Arten Krebses und für Induktion der Regeneration der verschiedenen Arten von Geweben sogar in den alten Organismen verwendet werden. Die ersten Proteinanwärter für solche Regelung sind die folgenden Signalisierenbahnen: Wnt/zischte, Shh/geglättet und Kerbe. Die folgenden Ziele sind selbstverständlich Dutzende der in Verbindung stehenden Wachstumfaktoren. Der Arbeitsentwurf kann gesehenes AR pic.1 unten sein.

PATHWAY MAPPING AND SYSTEM BIOLOGY

Für Geldstrafe - das Abstimmen der Stammzelletätigkeiten in den Stammnischen, die oben erwähnt werden, ist eine schwierige Aufgabe, die mit dem korrekten Diagramm von Bahnen in Verbindung stehend ist. So eins der unserer Aufgaben ist, on-line-Bediener mit den wechselwirkenden Signalisierenbahndiagrammen herzustellen, resultiert aus Systemsbiologie-Datenanalyse. Dieses hängt nicht mit der verteilten Datenverarbeitung zusammen, aber auch wird geplant, um ein Teil unseres Projektes zu sein.

Auch, während nicht die verteilte Datenverarbeitung zerteilt, planen wir, Entwicklung von einigen Anwendungen für computergestützten Drogeentwurf zu bilden.

 
 

Pic. 1. Dieses ist ein vereinfachter allgemeiner Entwurf des Projekthintergrundes. Das erste Teil für unser Projekt ist molekulares Modellieren der räumlichen Struktur für Hauptteilnehmer in Wnt/gezischten, Shh/geglätteten und Kerbenbahnen und an silico Entwurf ihrer Agonisten und Antagonisten. Das zweite Teil wird biologischen Versuchen und in der silico Bleioptimierung gewidmet. Das andere Teil des Projektes ist das Bahndiagramm, das Verständnis der vorgeschriebenen Diagramme der Stammnischen in den verschiedenen Arten der Gewebe gewidmet wird und Verständnis des Durchschnitts zwischen den Stammzellen, die Bahndiagrammen signalisieren und den Krebszellen, die Bahnen signalisieren, bildet ab (sehen Sie Mapping) .

  ANWENDERSOFTWARE-ENTWICKLUNG:

Etwas Bereiche der Algorithmisierung, die für uns mit der vorhandenen Projekfinanzierung extremly interessant sind:

1) Entwicklung der Kraftfelder für kleine Moleküle.

2) Auswertung von Algorithmen wie Monte Carlo oder von PSO für angleichbare Raumsuche nach ProteinLigandkomplexen.

3) Auswertung der verschiedenen angleichbaren Stichprobenverfahren, die einige Computerzeit und Wahrscheinlichkeit für Kennzeichnung des globalen Energieminimums erhöhen können für Protein und Protein-kleine Strukturen des Moleküls 3D sparen.

4) Auswertung der Qualität von Algorithmen von MD gründete Ankern mit dem ausdrücklichen eingeschlossenen Lösungsmittel.

 BEDIENER-UND MIDDLEWARE-ENTWICKLUNG: 

1) Integrieren Sie BOINC API: Verbessert

- Checkpointing

- Screensaver

2) Kreation von Projekt Screen-Saver

3) 10-tägiger Simulationen Engpass: Werten Sie die Neuentwicklungen aus -

GPU Anwendungen: CUDA für Autodock & GROMACS

- Paralleles BOINC API