Science

 

 

Hlavní rozdíly našeho projektu z jiných
  distribuované výpočty projekty (náš plán)
  

1) Nejprve Hlavní rozdíl je v oblasti výzkumu. Náš projekt je prvním projektem věnované studiu molekulární struktury a in silico design drogy pro proteiny, které se účastní v biologii kmenových buněk. Pokud jde o kmenové buňky biologie navazuje na výzkum rakoviny Druhou oblastí našeho zájmu je rakovina. Hlavním cílem našeho výzkumu léčiv je najít lék-jako sloučeniny, které mohou být použity v kmenových buněk a regenerativní medicíny založené regenerativní medicíny založené na somatických buněk po transplantaci. Tak zaprvé, hlavní rozdíl je cílem projektu.

 

2) základní výzkum na skládání bílkoviny a struktuře nejsou hlavní účely projektu. Znalost struktury proteinů a mechanismy funkce pro nás je pouze prvním krokem ke svým designem silico drog malých molekul sloučenin, které působí na tyto biologické cíle. Samozřejmě doufáme, že budeme upřesnit některé zajímavé prostorové struktury bílkovin a možná bude některé pohledy na některé mechanismy funkcí bílkovin, ale je to jen první krok.

 

Druhým krokem je objevení léku na flexibilní virtuální prohlídku na komerčně dostupné databáze organických sloučenin. Pro většinu potenciálních mezi nimi chceme posoudit jejich závazný režim s biotargets použitím vysoce-průchodnost molekulární dynamiky.

 

3) Máme v plánu sloučit do projektu, jehož cílem je veškerý software v silico léčiv, včetně modelování struktury proteinů metodami, hit identifikace a post-zpracování výsledků QSAR metod. Některé z nich budou použity jako distribuované výpočetní aplikace (jako GROMACS a Autodock), a některé budou použity jako offline aplikace. Také jsme chtěli zhodnotit predikční sílu pro výpočetní metody založené na nových léků. Takže máme v plánu dostat zaměřené rozmanitost datových sad organických sloučenin zaměřené na biologické hodnocení jako hlavní produkt z projektu.

 

4) Hlavním cílem tohoto projektu je nejen proto, aby vědeckých prací na základní aspekty funkcí proteinů a některých počítačových výzkumu, ale další vývoj v silico výsledků převodem na biologické hodnocení a vést optimalizace pro určená hity.

 

5) V počítačové zdroje jsou dány k nám distribuované počítačové komunitě jsme si absolutně jisti, že musíme mít silnou zpětnou vazbu na komunitu. Metody a způsoby, jak taková zpětná vazba může být projednány v rámci projektu fórech. Jako příklad můžeme navrhnout:

 

- Doporučení a poděkováním pro nejlepší týmy a nejlepší uživatelů v každém papíru, vyplynulo z výzkumu.

 

- Finanční zprávy společnosti.

 

- Diskuse o biologické cíle a fyziologické účinky, které lze dosáhnout použitím látky, jejichž cílem je tyto biologické cíle.

 

- Organizace schůzek a možná i některé strany crunchers pro členy komunity.

 

- Jiné výhody, které mohou být navržené komunita během diskusí fóra. 

Výzkumného prostoru a PROJEKT SOUVISLOSTI

V první řadě hledáme sloučeniny, které mohou být použity pro regulaci dospělých kmenových buněk činnosti v tzv. "kmenové niky". Stem výklenky - jsou prostory, v nichž jsou dospělých kmenových buněk, rozmístěných po celém lidském těle. Tyto mezery jsou rozšířeny ve většině tkání (to může být předpokládal, že ve všech tkáních) ve starých lidí jako v mláďata (ale ve staré v menší míře). Jedná se o částečně kmenové buňky, které se účastnily embryonálního vývoje, a pak se zastavil vytváření nových tkání a šel do klidu (spánek), státní a probudil se občas v některých tkáních signály kmenové niky.

 

Nekontrolované dělení takových kmenových buněk vede k rakovině transformace a zvěčnění. Z druhé strany mechanismy v lidském těle, které kontrolují kmenové buňky v kmenové niky zabránit přímému použití kmenových buněk v regenerativní terapie (a musí! - K prevenci rakoviny a nekontrolované dělení). Takže naše hypotéza je, že pokuta-ladil regulaci rovnováhy mezi regenerační aktivitou kmenových buněk a rakovina může být dosaženo cílené regulace růstových faktorů a signalizační proteiny, které upravuje činnosti kmenových buněk v kmenových výklenky.

 

Podle naší hypotézy, jako jemné naladěné regulace je možné použít k léčbě různých typů rakoviny a pro navození regenerace různých typů tkání i ve starých organismů. První protein uchazeči o tato nařízení jsou další signálních drah: Wnt / Frizzled, Pst / zjemňuje a Notch. Další cíle jsou samozřejmě desítky příbuzných růstových faktorů. Pracovní režim nemůže být viděn ar obr.1 níže.

Způsob mapování a SYSTÉM BIOLOGIE

Pro jemné doladění činnosti kmenových buněk v kmenových nikách uvedeno výše, je složitý úkol, týkající se správné mapování cest. Takže jeden z našich úkolů je, aby server s on-line interaktivní mapy signálních drah, je důsledkem systémové analýzy biologických dat. To není v souvislosti s distribuované výpočty, ale také má být součástí našeho projektu.

 

Také tak, že distribuované výpočetní části očekáváme její vývoj několika aplikací pro počítačové pomoci léků.

 
 

Obr. 1. Toto je zjednodušený strukturou projektu pozadí. První část našeho projektu je molekulární modelování prostorové struktury pro hlavní účastníky Wnt / Frizzled, Pst / zjemňuje a Notch cest a in silico design jejich agonistů a antagonistů. Druhá část je věnována biologickým hodnocením a in silico vést optimalizace. Druhá část projektu je věnována mapování cestu k pochopení kmenových mapy výklenků regulace v různých typech tkání a porozumění průsečíku mezi kmenových buněk signálních drah mapy a nádorové buňky signálních drah mapy (viz Mapping) .

  APLIKACE Software Development:

Některé oblasti vývoje algoritmů, které jsou mimořádně zajímavé pro nás s financování projektu k dispozici:

1) Rozvoj silových polí pro malé molekuly.

2) Vyhodnocení algoritmů, jako je Monte Carlo nebo SOP pro konformační prostor pro hledání protein-ligand komplexů.

3) Vyhodnocení různých konformačních metody odběru vzorků, které můžete ušetřit výpočetní čas a zvýšila pravděpodobnost identifikace globální energetická minima pro protein a protein-malá molekula 3D struktury.

4) Hodnocení kvality algoritmů MD na dokovací s výslovným rozpouštědlem v ceně.
  Server a vývoje middlewaru:

1) Integrace BOINC API: Zvyšuje

  - Checkpointing

  - Screensaver

2) Vytvoření projektu Screen-Saver

3) 10 Day simulace překážkou: Zhodnoťte nový vývoj

- GPU aplikace: CUDA pro Autodock & GROMACS

- Paralelní BOINC API